As partições de recuperação existem por várias razões.
Já expliquei isso a uns tempos aqui no pplware, estava a ver se conseguia encontrar mas não encontrei.
Qualquer das formas, as partições de recuperação são uma forma de o utilizador não perder o suporte, até porque existem marcas que enviam CD's/DVD's vazios para que seja feito o backup dessa partição caso o cliente assim o deseje (dou o exemplo da Acer e Toshiba bem como a Asus em alguns modelos)
A partição de recuperação tem apenas uma única desvantagem que é ficares ali com 3 ou 4gb de disco que não podes utilizar, no entanto tens como vantagem ter a certeza que não irás perder a informação que lá está bem como para a marca é mais simples de despistar avarias.
Se o sistema operativo estiver instalado através da imagem de recuperação quer dizer que está tudo bem no que diz respeito a software(não coberto por garantia), logo o problema será hardware(Coberto por garantia).
Assim sendo, em caso de o equipamento chegar até as instalações sem o sistema operativo instalado de origem, eles enviam para trás com a nota "Instale o sistema operativo original, caso o problema persista, volte a contactar-nos"
Quanto ao que referes de dar problemas a partição, esquece mesmo...
Volto a referir que a partição nada interfere com o conteúdo do disco, sendo que esta apenas é utilizada em caso de estarmos a efectuar a devida recuperação.
Depois existem dois tipos de configurações.
1. Bios, quando pressionas as teclas de atalho durante o Post, ele altera a partição que irá utilizar para arrancar. (Utilizado pela HP)
2. Existe um ficheiro no arranque do sistema mais propriamente na partição de recuperação, que determina o que irá arrancar...Partição 0 ou Partição 1. (Utilizado pela Acer).
Logo daqui podemos concluir que elas não afectam em nada a partição onde está o sistema operativo.
Quanto a serem ou não boas para o utilizador...
As marcas investem o seu tempo e dinheiro a procura de novas tecnologias para facilitar a vida aos seus utilizadores, se reparares bem, a utilização de partições de recuperação tornou-se um padrão, não tens acreditar que todas as marcas do mercado estão erradas quanto a isso.
No que diz respeito a actualizações de sistema operativo, a melhor maneira para fazer as coisas é em vez de fazer instalação limpa, recuperar pela imagem de recuperação e depois actualizar.
O bloatware que falas, serve para que todo o hardware funcione bem, eliminando possíveis conflitos e aumentando assim o seu rendimento durante a experiência de utilização.
As coisas não vem lá apenas por vir, existe uma razão para tal!