Ajuda em C -> Manipulação de Ficheiros com strings

[Ana]

Pois... se o input não é mais ou menos certinho, então esquece.

Tens a certeza que no enunciado desse trabalho não diz nada acerca de input bem formado? Já falaste com o professor? Normalmente eles não complicam muito.

Uma vez fiz um parse para um ficheiro de entrada, a contar com erros e tudo e ficou gigante...

Mas sim, a abordagem do strtok é a melhor nesses casos, usando para isso os delimitadores do teu enunciado. A partir daí, se tiveres a certeza cada fragmento é sintaticamente correcto, podes usar o fscanf.