Mudança de matriz em ficheiro

[Bruno Bernardino]

Não percebi mesmo o que pretendes, pela numeração que deste a cada letra.

Tenta dar uma letra diferente a cada posição, para se tentar perceber melhor.

De qualquer das formas, no teu código não existe nada do que falaste... Estás simplesmente a escrever no ficheiro o que o utilizador introduz...

A melhor forma de fazeres isso é criar um array bidimensional de strings (e não uma só string), colocares os valores conforme queres que apareçam (e até mostrá-los ao utilizador), e só no final (talvez mediante um comando de "quit") escrever no ficheiro o que tiveres. É mais fácil.