Novo disco no portátil: partição de recuperação

[R00KIE]

Não sei como estão organizadas as coisas dentro dessas partições de recuperação mas pelo sim pelo não eu não mexia lá.

Tem atenção que para além das partições podes ter de copiar uma "assinatura" que está guardada no disco, nos sectores entre o mbr e a primeira partição penso eu. Se não copiares isso o mais certo é o sistema de recuperação não trabalhar pois não encontra essa assinatura.
Não se se o programa que usaste copia isso mas é provável que não.