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jaimetotal

Bem,
o .Net Compact Framework não tem suporte nativo para SNMP, por isso terias que usar uma livraria externa. E terias que decidir se queres programar para o WM7, WM 6.5 ou anteriores( mas a parte gráfica também interessa) e não são as apps não são compatíveis entre 7 e as anteriores.
Quanto ao Android, requere também uma livraria, mas até já todas as aplicações são compatíveis entre versões, mesmo quando vier o 3.0.

Ou seja, no teu caso, nenhum ganha ao outro já que não há suporte nativo.

Agora a pergunta é, onde é que te sentes mais confortável a programar? .Net ou Java?

PS: Não sei quanto ao Android, mas o debug no WM 6 para trás, é uma tortura, que demora imenso.