Instalar Ubuntu em 2º disco

[R00KIE]

A melhor maneira é como o RaCcOn disse.
Cuidado com os redimensionamentos de partições feitos pelo ubuntu (distribuições de linux em geral e qualquer operação sobre partições). Isso é feito com o parted (gparted para quem usar o frontend gráfico) e aquilo por vezes corre mal, tão mal que engata as partições todas.
A maneira mais segura é fazer um backup de TODOS os dados e criar as partições com o tamanho que se quer logo de início.
Instalar o windows primeiro e depois o ubuntu e a coisa é relativamente pacifica (se for o vista acho que tem manhas mas o instalador do ubuntu já dever saber o que fazer).